본 연구의 가설은 동일한 거래시스템에서 거래되는 주식의 경우 동일한 거래비용을 가질 것이다. 이를 위하여 본 연구에서는 Huang and Stoll (1996)의 연구방법론인 쌍비교법(paired comparison method)를 활용하였다. 쌍 비교법에 의해 짝으로 선정된 유가증권 시장 주식과 코스닥 주식을 비교한 결과 본 연구에서 추정된 거래비용으로 사용된 CW, AIR, GKN 모두 두시장이 동일한 거래 비용을 가지지 않는 것을 발견하였다. 본 연구에서 Stoll (2000)의 방법론도 활용하여 유가증권시 장과 코스닥 시장을 비교한 결과 역시 두 시장의 거래비용이 동일하다는 결론을 내리기는 어려웠다